Główne uroczystości jubileuszowe 50-lecia seminarium odbyły się 29 września 2001 roku. W bazylice archikatedralnej w Częstochowie, podczas uroczystej Eucharystii pod przewodnictwem abpa Józefa Kowalczyka – Nuncjusza Apostolskiego, Niższe Seminarium Duchowne dziękowało Bogu za wszelkie dobro, które dokonało się w ciągu minionych 50 lat. Mszę św. koncelebrowali: abp S. Nowak, bp A. Długosz, bp J. Wątroba, dawni i obecni przełożeni seminarium oraz liczne grono kapłanów-absolwentów, a uczestniczyli w niej dawni i obecni profesorowie, absolwenci świeccy, zaproszeni goście, uczniowie oraz ich rodzice.

Na początku Mszy św. ks. inf. M. Mikołajczyk odczytał list od abp. Leonardo Sandriego, substytuta Sekretariatu Stanu Stolicy Apostolskiej, będący odpowiedzią na list abp. S. Nowaka do Jana Pawła II, w którym arcybiskup poinformował o jubileuszu seminarium oraz poprosił Ojca św. błogosławieństwo dla wspólnoty NSD i jego absolwentów. Abp L. Sandri pisał: „Jego Świątobliwość chętnie włącza się w uroczyste Te Deum¬ Archidiecezji Częstochowskiej i życzy, aby dzięki współpracy nauczycieli, wychowawców, seminarzystów i ich rodziców, Wasze Niższe Seminarium coraz bardziej stawało się środowiskiem kształtowania człowieka i promocji wszelkich wartości, które go ubogacają i stanowią o jego osobowej godności. Ojciec Święty z modlitwie poleca Bogu Księdza Arcybiskupa, Przełożonych, Nauczycieli, Alumnów oraz Absolwentów Seminarium i udziela wszystkim swego Apostolskiego Błogosławieństwa.”

Ks. rektor J. Bielecki, witając zaproszonych gości zaznaczył, że „Jubileusz 50-lecia Niższego Seminarium Duchownego stanowi dobry moment do ukazania uczniom świetlanych postaw nauczycieli, wychowawców i absolwentów naszego Seminarium (…) Módlmy się w tej Mszy św., aby św. Michał wprowadził zmarłych biskupów, kapłanów, nauczycieli, wychowawców i absolwentów NSD do społeczności zbawionych (…) Chcemy prosić dzisiaj dobrego Boga, aby czas jubileuszu przyczynił się do wzrostu duchowego, intelektualnego i materialnego Seminarium (…) Wszyscy tutaj zgromadzeni (…) módlmy się o pomyślny rozwój Niższego Seminarium Duchownego. Niech Patron Seminarium, św. Józef otacza je opieką, a św. Archaniołowie Michał. Gabriel i Rafał prowadzą seminarium bezpiecznymi ścieżkami.” Arcybiskup Nuncjusz podkreślając w homilii rolę seminarium, zaznaczył: „Za to wszystko chcemy dzisiaj Panu Bogu podziękować, za tych, którzy tę myśl podjęli, i tych, którzy powołali do życia to Seminarium, i za tych, którzy je prowadzili i prowadzą do dnia dzisiejszego i za wszystkie błogosławione owoce (…) Najlepszemu Ojcu w niebie polecamy także wszystkich tych, którzy odeszli, ale polecamy wszystkich tych, którzy dzisiaj to seminarium stanowią, upraszając dla nich obfitość Bożej mocy (…) W tym seminarium mamy się kształcić, czyli nadawać kształt naszej osobowości, kształtować nasze sumienie, nasz intelekt – po prostu kształtować nasze człowieczeństwo.”

Po zakończeniu Eucharystii w nowej sali gimnastycznej odbyła się akademia, która zgromadziła wielu wybitnych gości. Ze strony władz kościelnych obecni byli m.in. nuncjusz apostolski – abp J. Kowalczyk, abp S. Nowak, bp A. Długosz, bp J. Wątroba, przełożeni NSD na przestrzeni pięciu dekad, przedstawiciele kapituł z archidiecezji częstochowskiej, przedstawiciele Wyższego Seminarium Duchownego w Częstochowie na czele z rektorem ks. dr. Włodzimierzem Kowalikiem oraz rektorzy niższych seminariów z Płocka i Poznania. Przybyli również reprezentanci władz państwowych i samorządowych: Zygmunt Kucharczyk – wicewojewoda śląski, Jerzy Guła – członek zarządu Urzędu Marszałkowskiego, Joanna Grabowska – dyrektor Delegatury Śląskiego Kuratorium Oświaty w Częstochowie, poseł Szymon Giżyński, poseł Tadeusz Wrona. Licznie przybyli profesorowie, wychowawcy oraz wielu księży absolwentów, zarówno diecezjalnych jak i zakonnych oraz siostry zakonne. Wśród nich były przedstawicielki Sióstr Służebniczek NMP, które przez prawie 80 lat miały swoją placówkę w Częstochowie przy ul. Piotrkowskiej 17. Największą grupę gości stanowili absolwenci Niższego Seminarium Duchownego, tak świeccy, jak i duchowni, którzy z wdzięczną pamięcią wracali do lat spędzonych w Niższym Seminarium Duchownym. Alumni, pod kierunkiem księży przełożonych i profesorów, przygotowali przedstawienie przybliżające pięćdziesięcioletnią historię seminarium oraz zmagań kapłanów, profesorów i uczniów o trwanie tej szkoły w niełatwych czasach i o wierność celom, jakie przyświecały jej Założycielowi. Podczas tej akademii zabrzmiała pieśń, napisana przez ks. M. Cisowskiego na złoty jubileusz seminarium, zawierająca takie rozważania: „Pięćdziesiąt lat, czy to długo?/ Czas mija bruzdami na twarzy./ Tu dzień, tam rok,/ choć jeszcze tak wiele się zdarzy/ Dziś chcemy Ci, Panie, dziękować,/ przepraszać i błagać./ Za rok, za sto,/ może wspomną nas, nie miną obok?”. W czasie uroczystości goście oraz przedstawiciele dawnych wychowawców i absolwentów zabierali głos i składali życzenia oraz gratulacje. Odczytano również listy absolwentów NSD – Ireneusza Wilka – podsekretarza stanu w Ministerstwie Finansów oraz dr. hab. Andrzeja Budzisza prof. KUL, prorektora Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego.

Z okazji jubileuszu wybito również specjalne medale – abp S. Nowak na zakończenie uroczystości wręczył je byłym przełożonym NSD, wychowawcom i gościom honorowym.

Jubileusz 50-lecia stał się szczególną okazją, aby wyrazić głęboką wdzięczność wszystkim, którzy – jak to podkreślił prefekt Kongregacji Edukacji Katolickiej kardynał Zenon Grocholewski w specjalnym Liście z okazji 50-lecia Niższego Seminarium Duchownego w Częstochowie – „z ogromnym poświęceniem stawiali czoło problemom natury politycznej, ekonomicznej, pedagogicznej, aby Niższe Seminarium Duchowne w Częstochowie mogło zapewnić alumnom odpowiednie warunki do zdobycia solidnego przygotowania humanistycznego, oraz ułatwić im odpowiedź na Boży głos powołujący do kapłaństwa.”